Pondok Pesantren Al-Ishlah merupakan lembaga pendidikan semula bernama Pondok Pesantren Miftahul Ulum (artinya: kunci ilmu pengetahuan) didirikan oleh KH. Muhammad Ma’shum pada tahun 1970 di desa Dadapan-Grujugan-Bondowoso di atas areal ± ½ Ha wakaf dari dua orang paman istrinya (Hj. Maimunah) yaitu Bapak Ridin dan Bapak Ahmad (H. Ahmad Fathurrazi) dengan sebuah masjid yang dibangun oleh masyarakat sekitar (khususnya masyarakat desa Dadapan Dejeh Songay), murid pertama 3 orang santri dengan sistem pendidikan tradisional (mengaji / sorogan).
Seiring dengan perubahan/perbaikan yang dilakukan oleh Pimpinan Pondok, maka pada tanggal 4 Oktober tahun 1974 nama Pondok Pesantren Miftahul Ulum diubah menjadi Pondok Pesantren Al-Ishlah yang berarti perbaikan / memperbaiki.
Dan kini di atas areal ± 13 Ha dengan bangunan-bangunan gedung yang cukup representatif Pondok Pesantren Al-Ishlah disamping terus meningkatkan kegiatan pendidikan juga telah melakukan berbagai kegiatan sosial lainnya.
KH. Muhammad Ma’shum (Allahu yarham) sebagai pendiri wafat pada tanggal 13 September 2018 dan estafet kepemimpinan Pondok Pesantren Al-Ishlah diterusakan oleh putra pertama beliau, KH. Thoha Yusuf Zakariya, Lc dan saat ini Pondok Pesantren Al-Ishlah Bondowoso sedang mendidik santri santrinya seanyak 1.750 orang baik putra maupun putri dengan ribuan alumninya yang tersebar di seantero penjuru Nusantara dan Dunia.
Menjadi lembaga pendidikan islam terunggul dalam dunia pendidikan, da’wah dan sosial ‘ala manhajil qur’an was sunnah ash shohihah dan dalam mencetak generasi atau santri menjadi generasi atau santri yang benar dan pintar dengan pengertian yang sesungguhnya yaitu sholeh, mushleh dan ‘alim ‘amil.
- Mengajarkan santri dengan pengetahuan akademik dan cara berfikir yang benar sesuai kebijakan kurikulum yang sistemik dan terpadu.
- Membimbing pembentukan ‘aqidah shohihah, tauhid, keimanan dan akhlaqul karimah pada diri santri sesuai dengan nilai-nilai ajaran Islam.
- Menumbuhkan kesadaran dan tanggungjawab santri tentang da’wah, amr ma’ruf dan nahi mungkar dengan penyiapan wawasan da’wah, sosial dan keterampilan hidup yang kompetitif.
- Mengembangkan hubungan sinergis antara institusi keluarga dan KMI dalam rangka maksimalisasi proses dan hasil pendidikan.
- Membangun kerjasama produktif antara KMI, wali santri, institusi pemerintah dan lingkungan masyarakat
Sistem Pendidikan Pondok Pesantren Al-Ishlah memadukan 3 model unggulan yaitu:
- Ber’aqidah dan bersyari’ah sesuai Al-Qur’an dan Sunnah Shohihah.
- Proses belajar mengajar dan disiplin pondok menggunakan sistem pendidikan Pondok Modern Darussalam Gontor (Satuan Pendidikan Mu’adalah).
- Tata krama atau adab sopan santun sehari-hari sesuai prinsip-prinsip Akhlakul karimah
(Tradisional Islami/Salaf).
- Lulusan Al-Ishlah mempunyai prinsip hidup yang jelas dan benar yaitu bertujuan mengabdi kepada Allah SWT dengan berpedoman kepada petunjuk dalam Al-Qur’an serta bertauladan kepada perilaku Rasul Allah dan senantiasa bekerja keras menegakkan yang haq/kebenaran dan siap berkorban, dengan harapan akhir hidupnya happy ending dalam jalan Allah.
- Menjadi da’i dan muballigh perekat ummat.
- Berbudi luhur dan senantiasa menjunjung tinggi prinsip-prinsip kesholihan serta senantiasa melaksanakan ibadah-ibadah sunnah (sholat malam, sholat dhuha, puasa senin – kamis, puasa putih dll)
- Mampu berbahasa Arab dan Inggris (Ada kewajiban berkomunikasi bahasa Inggris dan Arab serta latihan pidato).
- Mempunyai Life Skill, Kemampuan Management, Leadership (ada Pelatihan)
- Hafal Al – Qur’an, minimal 8 Juz, dengan bacaan sesuai tajwid dan terjemah harfiyah dan murodiyah sebagai syarat kelulusan. Adapun cara penyetorannya, bisa bertahap atau langsung.
- Bagi santri lulusan KMI dapat melanjutkan ke perguruan tinggi/universitas di dalam (negeri ataupun swasta) dan atau luar negeri, Jami’ah Islamiyyah Madinah Al-Munawwarah, Jami’ah Al- Azhar Mesir, UNMUH, UNEJ dll.
- Bagi Santri lulusan STIT (Sarjana Strata I) dapat melanjutkan program S-2 dengan bea-siswa di beberapa PTN/PTS di dalam negeri.